火影忍者博人传作为火影系列的续作，在游戏化过程中面临诸多挑战，尤其是战斗系统的设计成为核心争议点。游戏采用4v4团队对战模式，试图还原原作中的忍术对抗，但实际体验中角色平衡性较差，部分忍者技能强度过高或过低，导致对战缺乏策略深度。例如佐良娜的万花筒写轮眼技能大日灵被玩家质疑为地爆天星的换皮版，缺乏创新性。鸣人和佐助等经典角色在剧情设定中被削弱，导致玩家难以通过操作弥补战力差距。
游戏的任务系统同样存在问题，PVE模式设计单一且重复度高。官方虽推出探索、护送、歼灭等任务类型，但实际玩法缺乏变化，多数任务依赖简单数值堆砌而非机制设计。例如结界攻防战模式要求玩家占领或防守固定点位，但由于地图设计和角色移动能力的限制，战斗节奏容易陷入僵局。玩家反馈这类任务在新鲜感消退后极易产生疲劳感，难以维持长期游玩动力。
技术层面来看，游戏的优化不足进一步放大了玩法缺陷。PC版常出现因中文路径导致的运行报错，需手动安装反作弊系统或更新显卡驱动才能解决。存档机制也存在风险，部分玩家因系统崩溃丢失进度，而存档位置（如C:UsersXSavedGamesNARUTOTOBORUTOSHINOBISTRIKER）的隐蔽性增加了恢复难度。这些问题叠加使得游戏体验不够稳定，尤其对新手玩家不够友好。
